Laboratorio di Microbiologia

Diagnostica batteriologica

Tale ricerca si avvale di tecniche all’avanguardia con elevato standard di qualità.

Si eseguono l’esame microscopico

e l’esame colturale dei diversi campioni biologici, si procede quindi all’identificazione rapida dei ceppi batterici a livello di specie, con spettrometria di massa con tecnica MALDI-TOF (Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization – Time of flight) allo scopo di definire l’eziologia infettiva di varie patologie.

In particolare si esegueno:

· Diagnostica di infezioni delle vie urinarie

· Diagnostica di infezioni dell’apparato gastro intestinale

· Diagnostica di infezioni delle alte e basse vie respiratorie

· Diagnostica di infezioni dell’apparato genitale e infezioni sessualmente trasmissibili

· Diagnostica di infezioni del sangue e dei cateteri vascolari

Sui ceppi batterici isolati si eseguono saggi di sensibilità in vitro sia manuali che automatizzati secondi i Criteri Interpretativi EUCAST.

Particolare risalto viene dato al rilevamento dei piu’ importanti fenotipi di resistenza dei microrganismi ai farmaci con tecniche sia colturale che di biologia molecolare (ESBL, AMPc ,CTX,KPC, OXA 48, VIM, IMP1, NDM, MRSA, VRE,VISA), al fine di prevenirne e monitorarne la diffusione mediante sistemi manuali, antigenici e molecolari.

Diagnostica parassitologica

Diagnostica infestazioni parassitarie fecali

Si esegue la ricerca parassitologica su campioni di feci dopo arricchimento e concentrazione mediante osservazione microscopica con colorazione estemporanea di Lugol e permanente con Giemsa per la ricerca di Dientamoeba fragilis.

Si esegue la ricerca diretta degli antigeni di Giardia intestinalis, Entamoeba histolytica e Cryptosporidium parvum con metodo rapido immunocromatografico, nonche’ la ricerca di larve di Strongiloides stercoralis mediante metodo di concentrazione di Baermann e coltura.

Si esegue inoltre la ricerca diretta su feci , mediante tecnologia di biologia molecolare (Filmarray) dei principali patogeni intestinali

· Diagnosi infestazioni parassitarie extra intestinali

Ricerca di Schistosoma spp nei campioni urinari

Ricerca di Echinococcus spp. e di Entamoeba histolytica nelle cisti epatiche e cerebrali.

Ricerca anticorpi anti Entamoeba histolytica , Strongyloides stercoralis, Echinococcus granulosus , Toxocara canis, Taenia solium e Schistosoma spp. mediante EIA

· Diagnostica infestazioni parassitarie ematiche e midollari

Si esegue la ricerca microscopica con colorazione di Giemsa dei campioni ematici sia per l’identificazione della specie, sia per la determinazione, in caso di malaria, della parassitemia, rilevante ai fini prognostici.

Per la ricerca dei plasmodi malarici si effettua inoltre la ricerca diretta degli antigeni solubili con metodo immunocromatografico che consente una rapida identificazione della specie malarica e metodica Lamp per la rilevazione in biologia molecolare.

Si esegue la ricerca, sempre microscopica, anche di altre parassitosi ematiche (Leishmania, Babesia, Filaria, Tripanosoma)

Diagnostica micologica

Ricerca ed identificazione di funghi lievitiformi e filamentosi

L’identificazione dei lieviti si esegue mediante metodica di spettrometria di massa.

Per l’identificazione dei funghi filamentosi si ricorre alle metodiche tradizionali che comportano una valutazione della morfologia, della velocita’ di crescita e delle caratteristiche microscopiche del micelio, dopo semina su vari tipi di terreni e identificazione in spettrometria di massa.

Per i lieviti si esegue il test di sensibilita’ in vitro agli antifungini mediante metodo colorimetrico di micro diluizione in piastra. (SENSITRE)

Ricerca di antigeni di Cryptococcus. neoformans su sangue e liquor.

Ricerca di Pneumocystis jiroveci con tecnica in biologia molecolare

Ricerca dell’antigene galattomannano di Aspergillus spp su siero e broncolavaggio. Diagnostica Micobatteriologica

La Microbiologia di Legnano è il Centro di riferimento per la diagnosi di Micobatteri per tutta l’Azienda Socio Sanitaria Territoriale Ovest Milanese, in quanto dispone di un laboratorio dedicato, PCL3, a pressione negativa, che consente la manipolazione di agenti biologici appartenenti al gruppo di rischio 3.

Tale laboratorio garantisce, in condizione di funzionamento ordinario e straordinario (black out), la sicurezza che nessun materiale potenzialmente pericoloso fuoriesca dal laboratorio.

Su tutti i campioni con ricerca micobatteri si esegue l’esame microscopico e colturale tradizionale in terreno liquido e solido.

Si esegue inoltre la ricerca diretta sul campione biologico di M. tuberculosis complex con metodica di biologia molecolare PCR Real Time.

Sui campioni risultati positivi in coltura si esegue tipizzazione a livello di specie sia per micobatteri tipici che atipici mediante genotipizzazione molecolare.

Su tali campioni si esegue inoltre l’antibiogramma con antibiotici di primo e di secondo livello con metodiche differenziate a seconda della specie isolata.

Si esegue il test di immunostimolazione linfocitaria verso antigeni del M.tuberculosis complex. mediante il rilevamento di interferon γ da parte di linfociti altamente sensibilizzati. (Quantiferon)

Diagnosi di meningo encefaliti

Esame microscopico e colturale di tutti i patogeni responsabili di meningiti batteriche, sia nosocomiali che comunitarie.

Ricerca in biologia molecolare mediante PCR Real time dei principali agenti eziologici di meningiti batteriche al fine di dare risposte rapide sia per impostare il piu’ presto possibile terapia mirata, sia per attivare i sistemi di sorveglianza dei potenziali contatti.

Sierotipizzazione dei ceppi batterici ( Neisseria meningitidis, Listeria monocytogenes ).

Ricerca con metodica PCR Real time dei principali agenti virali di meningo encefalite Herpes simplex 1 e 2, Herpes zoster, Cytomegalovirus, Enterovirus, HIV1-2.

Diagnostiche sierologiche

· Diagnostica infezioni da HIV

Esame sierologico di campioni di sangue per la ricerca della presenza di anticorpi specifici.

Ricerca del virus con metodiche di biologia molecolare e sequenziamento del genoma virale per l’individuazione di resistenze ai farmaci antiretrovirali e determinazione del sottotipo virale. (NGS)

· Diagnostica infezioni da virus epatitici

Esame sierologico di campioni di sangue per la ricerca della presenza di anticorpi e antigeni dei principali virus a tropismo prevalentemente epatico:

HAV, HBV, HCV e HDV.

Ricerca dei virus HCV e HBV con metodiche di biologia molecolare per la valutazione quantitativa della viremia e l’identificazione del genotipo per la gestione della terapia antivirale.

· Diagnostica immunologica delle infezione del tratto respiratorio

Ricerca di anticorpi verso i principali agenti infettivi: virus influenzali, parainfluenzali, adenovirus, VRS, Mycoplasma, Chlamy

· Diagnost

· ica infezioni delle malattie esantematiche e infantili

Esame sierologico di campioni di sangue per la ricerca della presenza di anticorpi specifici contro i virus della varicella, morbillo, parotite, rosolia, pertosse e quinta malattia

· Diagnostica infezioni delle infezioni materno-infantili

Esame sierologico delle infezioni da Citomegalovirus, Rosolia e Toxoplasma e Sifilide nelle donne in gravidanza per l’esclusione o identificazione di possibili infezioni.

Datazione dell’infezione prima o dopo il concepimento per evidenziare il rischio di trasmissione al feto.

· Ricerca dei BK virus e JC virus per il follow up dei pazienti sottoposti a trapianto di rene

• Sorveglianza di Infezioni nosocomiali mediante invio di Alert per i germi Sentinella ai Reparti ed al CIO. Raccolta ed elaborazione annuale dei dati epidemiologici, (vedi sito Internet, capitolo Pubblicazioni scientifiche suddivise per anno) o per periodi più brevi su richiesta dei Reparti relativi ad eziologia e a rilevazione delle resistenze antibiotiche dei germi isolati.

   

• Sorveglianza microbiologica dell’ambiente ospedaliero mediante i controlli ambientali di: superfici, acqua, aria, farmaci, strumentazioni diagnostiche.

• Conservazione ceppi batterici di maggior rilievo infettivologico, mediante congelazione e stoccaggio registrato (Ceppoteca)

• Collaborazione al coordinamento del Progetto Regionale CR-CIO sulla sorveglianza epidemiologica a partenza dalle Microbiologie.

• Partecipazione a sperimentazioni clinico-diagnostiche e valutazione tecnica di nuove strumentazioni e nuovi test diagnostici.

• Partecipazione alla Sorveglianza delle resistenze batteriche relative alle infezioni invasive in collaborazione con l’ISS. (EARSS)

   

• Collaborazione con Centro trapianti, per le attività di competenza (Diagnostiche sierologiche e batteriologiche), nell’attività di prelievo di organi , tessuti e cornee per prevenzione e monitoraggio delle infezioni batteriche, fungine e virali.

• Partecipazione a Programmi di Verifica Esterna di Qualità regionali (VEQ) , e internazionali (NEQAS).

• Attività formativa con organizzazione di corsi di aggiornamento interni

• Formazione continua di tutti gli operatori nell’ottica dell’adempimento della Educazione Continua in Medicina

• Collaborazione con Università per formazione studenti e specializzandi: stage didattico-operativi di studenti iscritti a facoltà di Medicina e Chirurgia, di Scienze biologiche, di Biotecnologie e di tecnico di laboratorio, specializzandi iscritti alla scuola di specializzazione di Microbiologia e virologia..